Az idegrendszeri működések utolsó fejezeteként tekintsük át azokat a szabályozó működéseket, melyeket akaratlagosan nem tudunk irányítani. A vegetatív működések szabályozó központjai az agyban és a gerincvelőben találhatók. Agyi irányítású folyamat többek között a keringés, légzés vagy akár a pupillareflex. Gerincvelői vegetatív reflexre példaként a székletürítést, vizeletürítést vagy különféle mirigyek elválasztásának szabályozását hozhatjuk.
A vegetatív idegrendszernek két fontos tagozatáról beszélhetünk: szimpatikus és paraszimpatikus oldalról. A két oldal egyaránt működik a szervezetben, csak bizonyos állapotban egyik vagy másik túlsúlyba kerül. A szimpatikus túlsúly egy aktivált állapotot idéz elő, míg a paraszimpatikus oldal nyugalmi, regenerációs állapototba juttatja a szervezetet. A szimpatikus oldal uralkodik például, ha sportolunk, harcolunk, menekülünk vagy stresszelünk, míg a paraszimpatikus idegrendszer dominál, amikor otthon nyári szünetben ebéd után ledőlünk a kanapéra. A két oldal közti további különbségeket legegyszerűbben úgy érthetjük meg, ha megvizsgáljuk különféle szervekre, szervrendszerekre gyakorolt hatásaikat.
A szem esetén a paraszimpatikus aktivitás a pupilla tágulásához vezet. Intenzív mozgás, akár harc közben fontos szempont, hogy megfelelően lássunk, ezért a szimpatikus aktivitás növeli a szembe jutó fény mennyiségét. Paraszimpatikus túlsúlyban a pupilla visszaszűkül az aktuális fényviszonyoknak megfelelő mértékig.
Az erekre a szimpatikus aktivitás ellentmondásos hatásokkal van. Egy stresszreakció során fontos, hogy az izmoknak megfelelő legyen a vérellátása esetleges küzdelem vagy menekülés miatt. Szintén fontos, hogy a vérben megfelelő oxigénmennyiség legyen. Így tehát szimpatikus aktivitás során a tüdő és a vázizomzat erei kitágulnak. Ugyanakkor ez a nagymértékű értágulat vérnyomásest jelentene, ezt úgy tudjuk ellensúlyozni, ha egyéb, az adott helyzetben kevésbé szükséges területen összehúzzuk az ereket. Emiatt a tápcsatorna, a vese és a bőrerek jellemzően összeszűkülnek szimpatikus aktivitásra. A paraszimpatikus túlsúly ezt az állapotot feloldja, helyreállítja a nyugalmi helyzetre jellemző keringési viszonyokat.
A szimpatikus aktivitás növeli a szívfrekvenciát a nyugalmihoz képest, míg paraszimpatikus túlsúly esetén a nyugalmi pulzust, akár annál kicsit alacsonyabb értéket is mérhetünk.
A gyomorműködésre gyakorolt hatás megint csak érdekes szimpatikus túlsúlyban. A gyomor izomzatának működését csökkenti, míg a gyomorsav termelést fokozza. Ez egy ősi maradvány lehet a szervezetben, ugyanis mikor még foggal is küzdöttünk ellenfeleink ellen, gyakori volt, hogy fertőzők jutottak a tápcsatornába, ezeket azonban a gyomorsav képes hatástalanítani. Paraszimpatikus túlsúly esetén normalizálódik a gyomor működése, újraindul a perisztaltika és megszűnik a fokozott savtermelés.
A bél működését a szimpatikus aktivitás gátolja, míg a paraszimpatikus fokozza. Paraszimpatikus túlsúlyban ugyanis lehetőség nyílik arra, hogy a szervezet újraépítse tartalékait, melyhez a szükséges anyagokat a táplálékból a tápcsatornán át képes felvenni.
A vese működése csökken szimpatikus aktivitás alatt, nem véletlen, hogy sportolás közben vagy egy nehéz vizsga előtt, ritkán jelentkezik vizelési inger. A paraszimpatikus oldal túlsúlya esetén a vese működése visszatér a normál szintre.
A mellékvese a szimpatikus oldal egyik kulcsszerve, itt termelődik ugyanis az adrenalin, mely fontos szerepet játszik a stresszreakció kialakításában. A mellékvesét a szimpatikus idegrostok közvetlenül beidegzik, vagyis szimpatikus aktivitás hatására pillanatok alatt felszabadulhat a szükséges adrenalin mennyiség. Paraszimpatikus túlsúly esetén gátolt a mellékvese elválasztása.
Ivarszervek esetén a szimpatikus aktivitás csökkenti a mirigyek elválasztását, hosszútávú aktivitás, például tartós stressz hatására csökkenhet az ivarszervek funkciója. A paraszimpatikus túlsúlyban az ivarszervek normál működése látható.